南阳牛肌肉发育过程中IGF基因家族的表达变化研究

 IGF基因家族对肌肉发育起重要的调控作用,而目前对牛肌肉发育过程中IGF基因家族的表达变化研究还不充分。本研究利用荧光实时定量PCR技术分析了南阳牛3月龄到24月龄期间背最长肌组织中IGF,IGF受体和IGF结合蛋白基因的表达变化规律,发现IGF1,IGF2,IGF1R,IGF2R,IGFBP1和IGFBP3的表达量均呈现出明显的下降趋势,其中18月龄和24月龄时的表达量与3月龄时相比显著低（P<0.05）;IGFALS也呈现出下降的趋势,但表达量在各个时期没有显著的差异（P>005）;IGFBP2,IGFBP4和IGFBP6在6月龄时表达量上升,在12月龄和18月龄时表达量降低,在24月龄时表达量再次上升,但各个时期表达量均无显著差异（P>005）;IGFBP5表现出先升高而后降低的趋势,6月龄比24月龄时表达量显著高（P<005）,其他各月龄之间差异不显著。本研究对IGF基因家族在南阳牛肌肉发育过程中的表达变化进行了系统的研究,为进一步深入分析IGF系统在牛肌肉发育过程中的作用提供了有力的理论基础。     

斑马鱼肿瘤坏死因子(tnfα)及其受体(tnfrsf1a)应答细菌和病毒感染的表达

肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,Tnf)作为重要的炎症因子,在抵抗细菌和病毒感染以及清除被感染的细胞等方面发挥着重要的作用。对斑马鱼进行腹腔注射免疫刺激物、细菌和病毒病原,并采用荧光定量PCR技术分析tnfα及其受体[tnf receptor superfamily(tnfrsf)member 1a]在肾脏和脾脏中的表达。实验结果显示:tnfα和tnfrsf1a在斑马鱼各组织中均有常量表达。脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)和聚肌苷酸-聚胞苷酸[polyinosinic acid-polycytidylic acid,poly(I:C)]能够调控肾脏和脾脏中tnfα和tnfrsf1a的表达。腹腔注射嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)感染斑马鱼后,tnfα在脾脏(48 h和72 h)和肾脏(72 h)中表达显著升高;tnfrsf1a在脾脏(48 h)表达水平也有显著上调。在注射迟缓爱德华氏菌(Edwardasiella tarda)的斑马鱼中,肾脏的tnfα表达显著增加,但在脾脏的表达则完全被抑制;tnfrsf1a基因在脾脏和肾脏(6 h和72 h)有明显上调。鲤春病毒血症病毒(spring viraemia of carp virus,SVCV)感染斑马鱼后,tnfα和tnfrsf1a在感染早期表达量有显著升高;而且在感染1～7 d中,肾脏的tnfrsf1a始终维持高水平诱导表达。实验结果表明:tnfα和tnfrsf1a在鱼类抵抗细菌和病毒感染过程中发挥重要作用。     

Effects of Growth and Differentiation Factor 9 and Bone Morphogenetic Protein 15 overexpression on the steroidogenic metabolism in bovine granulosa cells in vitro

Granulosa cells (GCs) play important roles in the regulation of ovarian functions, and in vitro culture is a relevant model for the study of steroidogenesis in ovarian follicles. Thus, growth factors secreted by the oocyte, like Growth and Differentiation Factor 9 (GDF9) and Bone Morphogenetic Protein 15 (BMP15), play an important part in the luteinization of granulosa cells. The aim of this work was to express GDF9 and BMP15 genes in bovine GCs in vitro and evaluate their effects on the luteinization process. Samples of culture medium and GCs transfected with GDF9 and BMP15 were obtained for 21 consecutive days to analyse the steroidogenic hormones' concentration (progesterone (P₄) and estradiol (E₂)) and the expression of STAR, GDF9 and BMP15 and their respective receptors. The results demonstrated an inhibitory effect of GDF9 and BMPF15 on P₄ secretion in bovine GCs cultured in vitro. Moreover, our study demonstrated the entire expression of their respective receptors (TGFBR1, BMPR1B and BMPR2) and the inhibition of the steroidogenic marker, STAR gene. This work sheds light on a novel biological function of BMP15 and GDF9 in bovine GCs physiology, which could elucidate a non-described biological role for GDF9 and BMP15 in bovine granulosa cells' metabolism.     

Rim2因子超级家族的分布及分子指纹技术 在水稻品种鉴定中的应用*

通过GenBank中230Mb水稻序列的对比分析,新鉴定的水稻Rim2因子家族编码亚组和假基因亚组不均匀地分布于12条染色体上,以着丝点区域分布频率为最高。由基因内缺失和插入使得Rim2因子序列多变,结合其众多的拷贝数尝试将其开发为一新的分子指纹。以水稻(Oryzasativassp.indica)品种R963及其育种亲缘材料为测试样本,尽管材料间可能存在极其相近的遗传背景,利用Rim2因子设计的5个引物,还是检测出材料间DNA水平的差异。采用同样引物,对2份杂交籼稻(O.sativassp.indica)和1份杂交粳稻(O.sativassp.japonica)组合及相应亲本的PCR检测,获得所有材料的特异指纹。Rim2因子可作为水稻品种鉴别的分子指纹,也可应用于杂交稻纯度的快速鉴定。     

尼罗罗非鱼Siglec-4b like基因的克隆与表达特性分析

从尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)嗜中性粒细胞中克隆了唾液酸结合型免疫球蛋白凝集素Siglec-4b like基因,对其进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR检测:1)早期胚胎发育过程的表达;2)成鱼组织中的分布;3)人工感染无乳链球菌(Streptococcus agalactiae,GBS)后组织表达的变化。结果表明,尼罗罗非鱼Siglec-4b like具有与哺乳类Siglec-4相似的特异性结构域及保守氨基酸残基;早期胚胎发育Siglec-4b like基因在卵子中有一定表达量,受精后7 h即卵裂期表达上调,随后表达下降;Siglec-4b like基因在所检测的各组织中均有表达,鳃的表达量最高,其次是肌肉、皮肤、头肾和肠,其他组织的表达量较低;人工感染无乳链球菌后,Siglec-4b like在鳃、肾与肠等多个组织的表达均呈下调趋势。研究结果为进一步开展Siglec-4b like对罗非鱼免疫系统的调控作用及其与无乳链球菌免疫逃逸机制关系的研究奠定基础。     

莺总科鸟类的系统分类进展评述(英文)

本文评述了莺总科鸟类的系统分类,并重点探讨科间、属内系统发育关系以及种级分类地位。基于已发表的 DNA 序列数据,对马岛莺科(Bernieridae)和柳莺科(Phylloscopidae)重新进行了分析。大量的分子水平的研究让我们对鸟类系统发育的认识有了很大提高。但是,由于一些主要进化分支(科)的快速分化,使得这些科之间的相互关系依然不明确。同样,分子标记和(或)鸣声及其他生活史资料在大量研究中的应用,大大提高了种级水平的分类可靠性。我们推测,随着人们运用现代的整合方法对新类群的不断研究,物种数量会不断增加。     

金针菇转运蛋白基因fv-mfs1的序列与表达分析

通过分析金针菇(Flammulina velutipes)子实体原基期、伸长期、成熟期的转录组数据,得到一个差异表达基因fv-msf1。对其结构、序列特征及表达情况进行分析,结果显示该基因全长2709 bp,包含13个外显子,12个内含子,开放阅读框长1770 bp,编码589个氨基酸。结构域分析表明该基因编码的蛋白含主要协助转运蛋白超家族(major facilitator superfamily,MFS)保守结构域。通过实时荧光定量PCR(real-time quantitative fluorescence PCR,q-PCR)对子实体不同发育阶段以及菌盖不同发育时期的表达量进行分析,结果显示该基因在金针菇伸长期的菌盖(尤其是0.3~0.9cm)中高表达,由此推断该基因在金针菇菌盖发育中发挥一定作用。     

玉米大斑病菌MAPK超家族的全基因组鉴定及途径模型建立

【目的】从全基因组水平鉴定玉米大斑病菌（Setosphaeria turcica）的MAPK超家族基因,并对其进行系统进化、基因结构、多重序列比对及保守位点分析,构建玉米大斑病菌中的MAPK级联途径模型,为深入研究该植物病原菌中MAPK级联途径的功能奠定基础。【方法】利用玉米大斑病菌基因组数据库,通过基于隐马尔科夫模型的HMMER 3.0软件搜索基因组,鉴定并获得MAPK超家族成员序列、基因组定位信息;采用MEGA 5.0软件进行系统进化分析;通过GSDS工具进行基因结构分析;利用ClustalX、MEME工具分析MAPK蛋白激酶区的保守性及保守位点。【结果】在玉米大斑病菌基因组中发现了4个MAPK基因、3个MAPKK基因和3个MAPKKK基因。系统进化分析将MAPK分为Kss1/Fus3、Slt2、Hog1及Ime2 4类;MAPKK分为Pbs2、Ste7及Mkk1 3类;MAPKKK分为Ste11、Bck1及Ssk2 3类。基因组定位及基因结构分析表明,MAPK超家族散布在基因组中,且MAPK基因的结构最为复杂多样,MAPKK次之,MAPKKK结构最简单。多重序列比对与保守位点分析表明,玉米大斑病菌MAPK超家族的激酶结构域均高度保守,其中MAPK具有保守的“-TxY-”磷酸化位点,MAPKK含有保守的“-SD[V/I]WS-”磷酸化位点,MAPKKK含有“-G[S/T][V/P][F/M][W/Y]M[A/S]PEV-”特异性保守位点。【结论】全基因组分析表明,玉米大斑病菌中包括4个MAPK基因、3个MAPKK基因和3个MAPKKK基因。通过系统进化、基因结构及多重序列比对和保守位点分析,在玉米大斑病菌中构建了Fus3/Kss1-homolog、Slt2-homolog、Hog1-homolog和Ime2-homolog 4条MAPK级联途径,其中Ime2 homolog为一条新发现的MAPK级联途径。该信息为深入解析植物病原真菌MAPK超家族的功能奠定了基础。